中华人民共和国成立后与匈牙利建立了外交关系，这使得两国在文化，教育和科学领域的关系也飞速发展。第一批匈牙利留学生于1950年秋季开始在北京学习。在此期间，很多匈牙利专家来到中国，以其丰富的学识帮助中国实现国家工业化。
双边关系曾于60年代一度停滞，直至1978年，当时的中国政府开始实施了改革开放政策，这为两国关系注入了新的动力，之后双边科技关系再次发展起来。新中国领导人对匈牙利的改革深感兴趣。很多中国的改革政治家，学者（当然主要是经济学家）都前往匈牙利考察。在此期间还成立了官方的研究交流机构。1984年，匈牙利科学院和其中方对口单位签署了合作协议，协议规定了两院间的合作条件，以及高级研究人员互访交流的条件。2016年2月，中国科学院院长白春礼对匈牙利进行了官方访问，值此之机，两个科学院对合作协议的内容进行了更新。
2002年两国间签署了科技合作协议。并指定中国科技部和匈牙利国家研究与技术局（现为匈牙利国家创新署）为协议执行单位。从2016年起，新的支持方针出台。基金仍继续用于支持研究人员交流，但此外一个新的以项目为基础的支持形式也出台，即在联合研究中促进应用技术继续发展和研究成果市场化。最新一届的中匈联合委员会议也已于2016年12月在布达佩斯成功召开。
在过去的16年间，两国大学间的关系也蓬勃发展，几乎所有的匈牙利大学都与中国大学建立了关系，它们之间签署了许多有关联合研究、教师和大学生交流的合作协议。2016年，首个大学间的匈中联合实验室在罗兰大学落成。
中国政府为匈牙利学生提供越来越多的奖学金机会，这其中有针对科学家后备力量或参加博士培训的大学生设置的奖学金，而匈牙利政府也为中国大学生，这其中也包括针对博士生设立的奖学金计划，2013年匈方设立的Stipendium Hungaricum奖学金为中国学生提供了在匈牙利多个地方学习的机会。
2013年末，匈牙利国家创新署和中国外专局签署了一个合作协议。根据协议，如果匈牙利专家赢得了中方有关任务需求方面的招标，那么其前往中国的费用由中方承担。
2014年2月，在匈牙利总理访华期间签署了两个科学院间的协议。与中国科学院签署的是关于建立联合实验室的协议，与中国社科院签署的是与“现代匈牙利与中国”研究网和相关的研究项目有关的协议。2016年匈牙利科学院维格纳尔物理研究所和中国科学院近代物理研究所建立了联合实验室。
